После организации мятежа в 1907 учителя взяли под стражу, но в суде он был оправдан. Этот случай стал судьбоносным в его жизни, ведь благодаря ему и заключением лидеров, он был выдвинут в качестве главы партии в Бенгали, впервые предстал на трибуне перед в качестве спикера.

Шри Ауробиндо был председателем Националистической Конференции, проходившей Шурате в 1907г. Тогда же произошло серьезное столкновение двух партий, Конгресс разделился на части. Весной 1908 года Ауробиндо задержали за участие в Алипорской подпольной организации, которой руководил его брат Бариндра; но ив связи с отсутствием свидетельств против него через год он снова оказался на свободе. Тогда их организация уже распалась, ее лидеров рассадили по разным тюрьмам. Весь следующий год он пытался действовать в качестве единственного оставшегося лидера Националистов в Индии, с целью возобновить движение. Он организовал выпуск еженедельной английской газеты, Кармайогин, а также газету на бенгали, Дхарма.

В итоге, Шри Ауробиндо пришел к выводу, что нация была еще не готова к принятию и воплощению в жизнь его политике и программе. Сначала он решил проводить подготовку людей с помощью созданного движения Домашнее Правило и пропаганду пассивного сопротивления. Но почти сразу заметил, что время для этих движений еще не настало.
Все время годового заключения в Алипорской тюрьме Шри Ауробиндо посвятил практике Йоги, его внутренний мир нуждался в полном сосредоточении. Именно поэтому он решил на некоторое время оставить политику и погрузиться в духовную сферу.

Зимой 1910 года он уходит в тайную отставку, а весной отправляется в Пондичерри. Там его ждет третье по счету судебное разбирательство из-за подписанной статьи в Кармайогине. И снова он был оправдан. Шри Ауробиндо решил разорвать связь с политической деятельностью, отказался от должности главы Национального Конгресса и окончательно ушел в отставку. С 1910 года он занялся духовной работой.